Національний заповідник «Глухів» утворений і функціонує відповідно до постанови КМУ від 8 лютого 1994 р. № 80 «Про Державний історико-культурний заповідник у м.Глухові Сумської області» та постанови КМУ від 2 жовтня 1998 р.
Заповідник охоплює територію 75 га центральної історичної частини та ділянки природного ландшафту м.Глухова. Він здійснює нагляд за 50 об’єктами культурної спадщини, розташованими на його території та в охоронних зонах, 37 з яких є пам’ятками історії, архітектури та містобудування, археології. 7 пам’яток («Миколаївська церква» (1693-1695), «Київська брама Глухівської фортеці» (1766-1769), «Спасо-Преображенська церква» (1765), «Трьох-Анастасіївська церква» (1893), «Глухівський учительський інститут» (1874-1879), «Глухівська чоловіча гімназія» (1880-ті), «Пансіон Глухівської чоловічої гімназії» (1880-1892) занесені до Державного реєстру нерухомих пам’яток як пам’ятки національного значення, 30 пам’яток – місцевого значення.
На балансі заповідника знаходиться 5 пам’яток архітектури: «Дворянське зібрання» (1811), «Будинок П.Лютого» (кін. ХІХ ст.), «Банк М.Терещенка» (кін ХІХ ст.), «Київська брама Глухівської фортеці» (1766-1769), «Садибний будинок Кочубеїв» (1904). До його складу входить музей археології, створений у 2008 р.
У структурі заповідника 5 відділів з 27 штатних одиниць: 7 чол. – керівний персонал, 8 – спеціалісти в галузі заповідників, 5 – спеціалісти загальних професій, 7 – інший персонал. Мають вищу освіту 21 чол., займаються науковою та просвітницькою діяльністю 11 чол.
Основними напрямками діяльності заповідника є здійснення заходів з охорони і збереження об’єктів культурної спадщини, забезпечення належного використання пам’яток містобудування і архітектури, реставрація пам’яток, регенерація архітектурного середовища, проведення науково-дослідної, науково-методичної, інформаційної, культурно-просвітницької роботи