Национальный заповедник «Глухов» образован и функционирует в соответствии с постановлением КМУ от 8 февраля 1994 г. № 80 «О Государственный историко-культурный заповедник в г.Глухове Сумской области» и постановления КМУ от 2 октября 1998 г.
Заповедник охватывает территорию в 75 га центральной исторической части и участки природного ландшафта м.Глухова. Он осуществляет надзор за 50 объектами культурного наследия, расположенными на его территории и в охранных зонах, 37 из которых являются памятниками истории, архитектуры и градостроительства, археологии. 7 памятников («Николаевская церковь» (1693-1695), «Киевские ворота Глуховской крепости» (1766-1769), «Спасо-Преображенская церковь (1765), «Трех-Анастасиевская церковь» (1893), «Глуховский учительский институт» (1874-1879), «Глуховская мужская гимназия» (1880-е), «Пансион Глуховской мужской гимназии» (1880-1892) занесены в Государственный реестр недвижимых памятников как памятника национального значения, 30 памятников местного значения.
На балансе заповедника находится 5 памятников архитектуры «Дворянское собрание» (1811), «Дом П.Февраля» (кон. XIX в.), «Банк Г.Терещенко» (кон XIX в.), «Киевские ворота Глуховской крепости» (1766-1769), «Усадебный дом Кочубеев» (1904). В его состав входит музей археологии, созданный в 2008 г.
В структуре заповедника 5 отделов из 27 штатных единиц: 7 чел. – руководящий персонал, 8 – специалисты в области заповедников, 5 – специалисты общих профессий, 7 – прочий персонал. Имеют высшее образование 21 человек, занимаются научной и просветительской деятельностью 11 чел.
Основными направлениями деятельности заповедника является осуществление мероприятий по охране и сохранению объектов культурного наследия, обеспечения надлежащего использования памятников градостроительства и архитектуры, реставрация памятников, регенерация архитектурной среды, проведения научно-исследовательской, научно-методической, информационной, культурно-просветительской работы